《洞洞杂货铺》是一部治愈系奇幻漫画，讲述失业又失恋的都市青年陈屿漫无目的地流浪时，在老城区巷弄深处偶遇一家名叫“洞洞”的古怪杂货铺。铺子里堆满了看似无用实则暗藏玄机的旧物——能听见思念的贝壳、能看见回忆的镜子、能传递心声的纸鹤。店主是一位戴着圆框眼镜、笑起来像猫一样的少女阿萤，她将杂货铺打理得井井有条，而陈屿在帮她整理货物的过程中，逐渐与店里的每一件物品和每一个来客的故事产生了深刻共鸣，也慢慢修补了自己千疮百孔的内心，重新捡起画笔开始画画。
一位老奶奶来到杂货铺，想找一件能让她听到已故丈夫声音的东西。阿萤从箱底翻出一枚旧贝壳，老奶奶贴在耳边时愣住了——贝壳里传来的是海浪声和丈夫年轻时的笑声，原来这是他们定情那天的海滩贝壳。
陈屿在仓库深处发现一卷蒙尘的画布，打开后是一幅未完成的星空图，笔触极其熟悉——竟然是他十年前被迫放弃艺考时撕毁的那幅。阿萤说这是她从一个收废品的老伯那里买来的，冥冥中一直在等他来认领。
一对冷战中的姐妹先后买了纸鹤，阿萤在两只纸鹤翅膀上各写了一句话却没有告诉她们。几天后姐妹和好如初，妹妹跑来问阿萤写了什么，阿萤笑说：“我只是把你们心里那句‘我想你’换了个方式送到对方手上。”
一个总觉得自己不够漂亮的女高中生被同学带来买“自信镜”，阿萤递给她一面普通的圆镜说：“你对着它说三遍‘我很好’，镜子就会告诉你真相。”女孩半信半疑地照做了，放下镜子时发现自己嘴角是上扬的。
陈屿第一次踏入杂货铺是为了躲雨，阿萤正蹲在地上修理一个八音盒，头也不抬地说：“随便坐，但别碰左手边第三个架子。”陈屿偏偏碰了，结果被喷了一脸彩带——那是阿萤设的防盗机关，专门整蛊好奇心重的人。
阿萤在整理货架时翻出一叠泛黄的老照片，全是不同年份在杂货铺门口拍的路人合影，每个人都在笑。陈屿感慨道：“这地方像时光胶囊。”阿萤低头擦照片，轻声说：“是啊，每一张都是一个小故事。”